当山の創建は慶長8年（1603）、時の領主・宇喜田土佐守秀正公によるものです。
その子・秀景が身延山第二十一世・寂照院日乾聖人に帰依し出家、實性院日秀と号し、妙應寺の開山となりました。

以来、およそ百年にわたり法運は大いに栄えましたが、正徳5年8月15日の火災により全山が焼失しました。
その後、現在の地に仮の建物を建て本尊を安置し再興の時を待ちましたが、いざ再建を試みた際には大雨と河川の氾濫により用意した材木がすべて流されてしまい再建は困難を極めました。

この出来事により檀家数は約三分の一に減少し、明治・大正・昭和と苦難の時代が続きましたが、平成5年、第二十八世・本慈院日厳上人の代に現在の本堂が建立され現在に至ります。

また、日厳上人は岡山市北区津倉町に布教所を開設し、平成元年には「妙應寺 津倉稲荷別院」として寺観を整えました。
現在は第二十九世・本壽院日啓が、和気の妙應寺と岡山の津倉稲荷別院の両寺を管理しております。